أعربت الحكومة، عن قلقها الشديد من قرار برلمان حكومة الجنوب القاضي بإنشاء قوة جوية منفصلة لجيش الجنوب في أعقاب إقرار البرلمان الجنوبي للوثيقة. وقال مسئول بحكومة الجنوب إن هذه القوات الجوية ليست موجهة إلى الشمال، وإنما تستهدف صد هجمات حدودية مستمرة من متمردي جيش الرب الأوغندي عبر الحدود. ورأى خبراء سودانيون أن هناك علاقة بين هذه الخطوة لإنشاء قوات جوية ونصائح أمريكية حثت الجنوبيين على سرعة تحويل الجيش الشعبي ــ قوات التمرد الجنوبية سابقًا ــ إلى جيش نظامي تدعمه واشنطن بالتدريب والمعدات. وأعرب متحدث باسم القوات المسلحة عن قلقهم لهذا الإجراء قائلاً إنه »قد يسبِّب مشاكل فلا يوجد شيء في الاتفاق (اتفاق نيفاشا 2005) يقول إن من حقهم ــ الجنوبيين ــ تشكيل قوة جوية«، فيما لم ينص اتفاق نيفاشا في الوقت ذاته صراحة على حظر تشكيل تلك القوة الجوية. وجاء شعار القانون الذي أُطلق عليه ورقة الجيش الشعبي البيضاء للدفاع عن الجنوب خاصة والسودان بصفة عامة بعنوان »نحو جنوب سودان آمن وسودان للجميع«. وقال بيتر بارنيانج، المتحدث باسم الجيش الشعبي لتحرير السودان إن »الجنوب لا يمكنه بعد شراء طائرات عسكرية، ولكن يجري تدريب طيارين استعدادًا لذلك«. الجدير بالذكر أنه لم تحدد الجهة التي تقوم بتدريب الطيارين في الجنوب، وهو ما أثار تساؤلات في الأوساط السياسية بالخرطوم حول الدور الأمريكي في ذلك.